Từ khi phát hiện ra các cuộn bản thảo Biển Chết vào những năm 1947 tới 1956 thì các cuộc khai quật được mở rộng tại Qumran. Sau đó gần 900 cuộn bản thảo (tiếng Anh "scroll") được tìm thấy - phần lớn viết trên giấy da, một số khác viết trên giấy cói. Các bể chứa nước, các nhà tắm theo nghi thức Do Thái giáo, và các nghĩa trang đã được tìm thấy, cùng với một phòng ăn hoặc phòng hội họp và các gạch vữa đổ nát từ tầng trên. Một số người cho rằng đó là một phòng viết (tiếng Anh "scriptorium") cũng như các lò gốm và một ngọn tháp.

Nhiều học giả tin rằng đây là nơi cư ngụ của một giáo phái Do Thái, có thể là giáo phái Essenes; các người khác cho rằng không phải nơi cư ngụ của giáo phái, số người này cho rằng đó là một pháo đài thời Vương triều Hasmoneus mà sau này chuyển thành một biệt thự cho một gia đình giàu có hoặc là một trung tâm sản xuất, có thể là một xưởng đồ gốm hoặc tương tự.

Một nghĩa trang rộng được phát hiện ở phía đông nơi này. Phần lớn các ngôi mộ chứa các di hài của đàn ông, nhưng cũng có một số hài cốt phụ nữ, tuy nhiên một số vụ mai táng có lẽ từ thời trung cổ. Chỉ có một số ít ngôi mộ được khai quật, vì luật Do Thái cấm khai quật nghĩa trang. Trên 1.000 thi hài đã được chôn ở nghĩa trang Qumran.[Ghi chú 2] Một thuyết cho rằng các thi hài này thuộc các thế hệ tín đồ giáo phái, trong khi thuyết khác cho rằng các thi hài này được mang đến chôn ở Qumran vì chôn ở đây dễ hơn các vùng đá chung quanh.[1]

Các cuộn giấy được tìm thấy trong một loạt 11 hang động chung quanh nơi định cư, một số hang phải đi qua nơi định cư mới vào được. Một số học giả cho rằng các hang này là những phòng đọc sách thường xuyên của giáo phái, vì có các di tích hệ thống ngăn kệ xếp sách. Các học giả khác cho rằng một số hang cũng được dùng làm nơi trú ẩn cho những người sinh sống trong khu vực. Nhiều bản văn tìm thấy trong các hang động tỏ ra tiêu biểu cho niềm tin và việc thực hành Do Thái giáo được chấp nhận rộng rãi. Một số học giả tin rằng một số bản văn này mô tả niềm tin của cư dân Qumran, trong đó có thể là người Essenes hoặc là nơi trú ẩn cho những người ủng hộ chi họ giáo sĩ truyền thống của phái Sadducees[Ghi chú 3] chống lại các vua/giáo sĩ của vương quốc Hasmoneus. Một thư văn học xuất bản trong thập niên 1990 bày tỏ các lý do việc thiết lập một cộng đồng, một số lý do trong đó giống như các luận cứ của phái Sadducees trong kinh Talmud.[Ghi chú 4] Phần lớn các cuộn giấy này dường như được cất giấu trong các hang động trong lúc hỗn loạn của cuộc Chiến tranh Do Thái-La Mã lần thứ nhất (66-73 sau CN), dù một số cuộn có thể đã được cất giấu sớm hơn.